昨日のこの案件は無事に解決。

対処

原因が自分のRails/Rubyによるものが明らかだったので、それぞれの入れ直しです。

Rubyアンインストール

sudo apt remove --purge ruby ruby-dev rubygems
apt autoremove

として、関連のパッケージを全て削除。設定は特にしていなかったのが幸いしました。

Ruby 再インストール

sudo aptitude install ruby libruby ruby-dev libmysqlclient-dev
sudo aptitude install libapache2-mod-passenger

gemで関連パッケージインストール

sudo gem install bundler racc mysql2

apache再起動

sudo systemctl restart apache2.service && echo $?

→ 0が返ってきたので反映もOK。

後はbundle installもDBマイグレーションも無事に通るようになりました。